病毒是呼吸道的主要病原，由于临床表现各异，病原学检测非常重要。急性呼吸道病原诊断通常采用呼吸道标本，上呼吸道标本主要包括口咽拭子、鼻咽拭子(nasopharyngealswab，NPS)、鼻咽吸取物;下呼吸道标本主要包括痰液、气管吸取物、支气管肺泡灌洗液等。机体的排毒量和排毒时间不仅与病毒种类，还与患者年龄和免疫功能状态等宿主因素有关。对于多数病毒性急性呼吸道，病毒的排泌发生在症状出现前，病毒量在症状出现后迅速增加，之后逐渐下降，因此，标本应尽快采集。但在免疫功能低下的，较长时间内都可能检测到病毒。咽拭子病毒检查必须采用病毒运输液(virustransportmedium，VTM)保存样本，以维持病毒颗粒的效价和病毒抗原的稳定。
目前冠状病毒核酸检测主要采集以下样本：鼻咽拭子、口咽拭子、深咳痰液、鼻咽或呼吸道抽取物、支气管灌洗液等。除了一些特殊情况外，鼻咽拭子和口咽拭子是常见的采集样本。研究显示，鼻咽拭子比口咽拭子的冠状病毒核酸检出率更高，因为鼻咽腔相对封闭，病毒更容易富集。但影响核酸检测准确率的因素很多——除了采样部位、采样手法、被采样者配合度等与采样相关的因素外，还有很多与采样无关的因素，病毒载量、实验室检测手法等，选择采样部位只是其中的一环。同时采集口咽拭子和鼻咽拭子等多个样本，能够相对提高核酸检测准确率。不管是口咽拭子还是鼻咽拭子，关键的是采集动作一定要规范、到位，符合标准。只要规范采集，两种方法均能达到预期检测目的。
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